多年前，野心勃勃、一心想統(tǒng)治宇宙的黑暗大帝危害環(huán)境、破壞和平，宇宙盟主北斗星王為了阻止他，在經(jīng)過一番激烈的宇宙大戰(zhàn)后，終把黑暗大帝冰封于地球極地冰巖之下，使他與世隔絕。為了防止黑暗大帝破解封印，在冰封黑暗大帝之后，北斗星王在地球高僧的指引下發(fā)現(xiàn)了地球六只神獸，用北斗星能量和技術制造了六只神獸金剛，并把他的兒子麒麟王和他的守護精靈小精靈留守在地球上。這六只神獸金剛分別是麒麟金剛、青龍金剛、白虎金剛、玄武金剛、朱雀金剛和鷹龍金剛。只有六位超異能的小孩才能駕馭這六件神獸金剛，繼而組合成威力無比、象征愛和正義的神獸金剛，保護地球的和平與守護人間的正義。小精靈找到了地球上最具智慧的科學家胡博士，并由胡博士保管這幾件神獸金剛。胡博士建造了長城科學院，成為保護地球、守護正義、防止壞人入侵的基地。胡博士和他的助手周老師在相繼找到了六位超異能的小孩，并由周老師在長城科學院負責訓練、照顧他們。隨著的地球溫室效應的影響，冰封黑暗大帝的冰巖不斷融化，黑暗大帝能量逐漸得到了恢復，并指揮他的殘余部下鐵面將軍準備消滅神獸金剛、破解封印。因此，鐵面將軍不斷命令他的手下玄冥二怪（玄冥黑怪、玄冥白怪）和復仇女將地球上的生物通過改變它們的基因使其變異為巨大的機械獸，然后讓怪獸或破壞地球、危害人類，或直接到長城科學院攻打神獸金剛，尋找破解封印的方法。六小孩面對鐵面將軍制造出的機械獸，不畏縮，不后退，一次次用愛和正義的力量挫敗黑暗大帝和鐵面將軍的陰謀和計劃，最終再次把黑暗大帝冰封在冰山下。
